所は、日の本。
豊臣秀吉が天下統一を果たし、この世の栄華を一手に握っていた時代。
天下に名だたる大泥棒、石川五右衛門（古田新太）は、ひょんなことから若い女盗賊、猫の目お銀（蒼井優）とともに空海が開いた津雲寺にある黄金目玉像という古い仏像を盗むことになる。
その津雲寺を預かるのは尼僧の春来尼（しゅんらいに・高橋由美子）。新任の京都所司代盗賊目付探偵方である明智心九郎（あけちしんくろう・三浦春馬）との丁々発止の知恵比べのあと、なんとか黄金目玉像を盗み出した五右衛門だったが、よくよく見るとそれは金メッキの鉄像。「こいつはガラクタだ」と五右衛門はお銀に目玉像を渡す。
その頃、秀吉（麿赤兒）は腹心の石田三成（粟根まこと）、前田慶次郎（橋本じゅん）らと朝鮮出兵を見送っていた。秀吉らが去ったあと、慶次郎の前にボロボロのマントを着た謎の南蛮人が現れる。彼はシャルル・ド・ボスコーニュ（浦井健治）、かつて五右衛門がヨーロッパに渡って海賊をやっていた時に知り合った、とある小国の王太子だ。「ゴエモンを探している」と言うシャルルを慶次郎は幼なじみの五右衛門のもとに連れていく。以前、シャルルと共に戦ったマローネ（高田聖子）がまさに空海の黄金目玉像を狙って日本に渡ってきていることを聞かされ、驚く五右衛門。
当の黄金目玉像はお銀が、堺の豪商・蜂ヶ屋善兵衛（はちがやぜんべえ・村井國夫）に渡していた。なんと、そこにはマローネの姿も。実は仏像の底に、空海が唐から持ち帰った大量の黄金のありかが、暗号文で示されていたのだ！ そして善兵衛とマローネが用済みとなったお銀を始末しようとすると、現れたのは心九郎。お銀を助けると黄金目玉像も奪い、逃げ去っていく。
果たして、暗号文が示す黄金のありかとは？
五右衛門は見事に謎を解き、お宝をゲットすることができるのか??
